連合軍少佐ホシノ・ルリは、新しいナデシコと新クルーと共にヒサゴプランの調査へと向かうのだが、そこで事件に巻き込まれて、死んだはずの「あの人」と出会うことになるのだった。
とりあえず、ＴＶ版の続編なのでそちらを見ていないとお話になりません。
主人公は前作のマスコットキャラ、ホシノ・ルリ。彼女を引き取った前作の主人公アキトと恋人のユリカは、既に死亡というシビアな設定で物語が始まります。
とは言っても、実は二人は生きていて、どうせ後で出てくるんだろなと思っていたら、案の定…。しかし、登場したアキト君は目を疑うような変貌をしており、ある意味僕らの知ってるアキト君は死んじゃってました（汗）
前作の軽いおちゃらけ雰囲気から一転して、この劇場版は序盤から思わずストーリーに引き込まれてしまうようなシリアス展開です！ＴＶ版の雰囲気を想像してこちらを見た人は、驚かされたことでしょう。まあ、私的にはこれくらいの方が好きですけどね。ようやく、シリアス設定が生きてきたって気がしますから。
けど、これまでのナデシコらしさという部分が失われたというわけではありません。後半は旧キャラ再集結というお祭り的展開であり、何処か昔の臭いを感じさせつつ燃えさせてくれるシチュエーションになっています！
ちなみに、この続編のアニメ化計画があったらしいのですが、残念なことにお蔵入り…（涙）。ラストが『バイバイ』で終わっちゃっただけにとても残念です。ということで、私の脳内ではスパロボＭＸ内でのエピローグを公式ラストにしちゃってマス（笑）